「首相案件であることを隠蔽（いんぺい）するために改ざんが始まったことは間違いない」との報道

これで、誰が何のために改竄したか、の謎は解けたことになります。
総理の「辞任する」との脅し発言に対して、財務所が忖度して総理のために、隠蔽したのです。
報道は、こちらです。
https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20180317-00000085-jij-pol